变体

doi：10.18129/b9.bioc.variantantation

遗传变异的注释

生物导体版本：版本（3.15）

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者：Bioconductor软件包维护者[AUT，CRE]，Valerie Oberchain [AUT]，Martin Morgan [AUT]，Michael Lawrence [AUT]，Stephanie Gogarten [CTB]

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ variantannotation”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“变体”）

PDF	R脚本	1.变体介绍
PDF	R脚本	2.使用FilterVCF从VCF文件中选择变体
PDF		参考手册
文本		消息
视频		读取VCF数据

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.42.1
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0.0），方法，生物基因（> = 0.37.0），矩阵，，，，GenomeInfodB（> = 1.15.2），基因组机（> = 1.41.5），总结性特征（> = 1.19.5），rsamtools（> = 1.99.0）
进口	utils，DBI，，，，Zlibbioc，，，，生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.27.12），iranges（> = 2.23.9），xvector（> = 0.29.2），生物弦（> = 2.57.2），AnnotationDbi（> = 1.27.9），rtracklayer（> = 1.39.7），BSGENOME（> = 1.47.3），GenomicFeatures（> = 1.31.3）
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦，，，，Rhtslib
建议	运行，，，，AnnotationHub，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109，，，，sift.hsapiens.dbsnp132，，，，sift.hsapiens.dbsnp137，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，snpstats，，，，GGPLOT2，，，，生物使用
系统要求	gnu做
增强
URL
取决于我	注解，，，，CNVRD2，，，，Deepsnv，，，，ememblvep，，，，Genotypeeval，，，，Helloranges，，，，htseqgenie，，，，myvariant，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，属属，，，，R453plus1toolbox，，，，Rarevariantvis，，，，seqcat，，，，测序，，，，sift.hsapiens.dbsnp132，，，，sift.hsapiens.dbsnp137，，，，签名者，，，，躯体签名，，，，结构视频隔离，，，，Svanumt，，，，变体滤波器，，，，变体，，，，变体工具，，，，VariantToolsData
进口我	等位基因平衡，，，，apalyzer，，，，感谢，，，，不良区域，，，，BBCANALYZER，，，，Biovizbase，，，，饼干，，，，cnvfilter，，，，库务，，，，宇宙67，，，，CustomProdb，，，，damefinder，，，，Demptumor2sig，，，，多米诺骨牌效应，，，，Epialleler，，，，fcscan，，，，ga4ghclient，，，，GenBankr，，，，Genomicfiles，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，Gwascat，，，，Gwasurvivr，，，，冰茶，，，，IGVR，，，，核粒子，，，，ldblock，，，，lineagespot，，，，Madseq，，，，mmappr2，，，，Motifbreakr，，，，mungesumstats，，，，Musicatk，，，，突变模式，，，，Proteodisco，，，，Scoreinvhap，，，，sigspack，，，，Snphood，，，，Svaretro，，，，Titancna，，，，tloh，，，，TVTB，，，，独立，，，，vcfarray，，，，XCIR，，，，yapsa
建议我	AnnotationHub，，，，Ashkenazimsonchr21，，，，生物比较，，，，蜂窝监测器，，，，cnvgears，，，，crisprvariants，，，，GenomicDataCommons，，，，基因组机，，，，GenomicsCores，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，Gwastools，，，，OMICSPRINT，，，，podkat，，，，RVS，，，，Seqarray，，，，飞溅，，，，超级人，，，，Systempiper，，，，TrackViewer，，，，三人组，，，，vtpnet
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	variantAnnotation_1.42.1.tar.gz
Windows二进制	variantantation_1.42.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	variantantation_1.42.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantannotation
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/variantannotation
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variantannotation/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档