Uniquorn

DOI:10.18129 / B9.bioc.Uniquorn

识别癌症细胞系的基于加权突变/变分指纹

Bioconductor版本:版本(3.15)

该方案允许用户识别癌症细胞系。癌症细胞系误认和交叉污染reprents癌症研究人员的一个重大挑战。识别是至关重要的,这个包的框架基于位置/体细胞和生殖系突变位点/变化。输入格式vcf / vcf。广州和文件必须包含一个癌症细胞系样本(即一个单一的成员/基因型/ gt vcf文件中的列)。实现的方法是优化下一代全外显子组和全基因组dna测序技术。RNA-seq数据很可能工作但还没有严密的测试。Panel-seq需要手动调整阈值

作者:Raik奥托

维护人员:< Raik Raik奥托。奥托在hu-berlin.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Uniquorn”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	2.16.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5)
进口	stringr,R.utils,WriteXLS统计数据,doParallel,foreach,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Uniquorn_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	Uniquorn_2.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Uniquorn_2.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Uniquorn
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Uniquorn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Uniquorn/
包下载报告	下载数据