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QuasR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR
在R中量化和注释短读
Bioconductor版本:Release (3.15)
这个包为短读的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程，从原始序列读取，比对和质量控制图的创建，到感兴趣的基因组区域的量化。
作者:Anita Lerch [aut]， Charlotte Soneson [aut]
， Dimos Gaidatzis [aut]， Michael Stadler [aut, cre]
维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>
引文(从R内，输入引用(“QuasR”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“QuasR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 类星体简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.36.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R(>= 4.1)，平行，GenomicRanges，Rbowtie |
| 进口 | 方法，grDevices，图形，utils，统计，工具，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools，GenomicFeatures，ShortRead，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles，AnnotationDbi |
| 链接 | Rhtslib |
| 建议 | Gviz，BiocStyle，GenomicAlignments，Rhisat2，knitr，rmarkdown，covr，testthat |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | SingleMoleculeFootprinting |
| 建议我 | eisaR |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | QuasR_1.36.0.tar.gz |
| Windows二进制 | QuasR_1.36.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | QuasR_1.36.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QuasR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
