CBEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.CBEA

分类富集分析的竞争平衡

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包实现了CBEA，一种对微生物组相对丰度数据进行基于集的分析的方法。这种方法在集合内的分类单元和每个样本的剩余分类单元之间构建了竞争平衡。更多细节可以在Nguyen et al. 2021+手稿中找到。此外，该软件包还添加了支持函数，以帮助用户使用现有的基因集分析方法执行分类集富集分析。在未来，我们还希望提供策展知识驱动的分类群。

作者:Quang Nguyen [aut, cre]

维护人员:Quang Nguyen

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CBEA”)

超文本标记语言	R脚本	基本用法
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	BiocParallel，BiocSet，dplyr，lmom，fitdistrplus，magrittr、方法、mixtools，Rcpp(>= 1.0.7)，统计，SummarizedExperiment，宠物猫，TreeSummarizedExperiment，tidyr，胶水，泛型，rlang，goftest
链接	Rcpp
建议	phyloseq，BiocStyle，covr，knitr，RefManageR，rmarkdown，sessioninfo，testthat(> = 3.0.0),tidyverse，roxygen2，米娅，purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/qpmnguyen/CBEAhttps://qpmnguyen.github.io/CBEA/
BugReports	https://github.com/qpmnguyen/CBEA//issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CBEA_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CBEA_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	CBEA_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CBEA_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CBEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CBEA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CBEA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CBEA/
软件包下载报告	下载数据