- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- zFPKM
zFPKM
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM
一套功能促进zFPKM转换
Bioconductor版本:版本(3.16)
执行zFPKM变换RNA-seq FPKM数据。该算法是基于出版的哈特et al ., 2013 (Pubmed ID 24215113)。参考建议使用zFPKM > 3选择表达基因。打开/关闭染色体编码数据进行验证。适用于基因水平数据使用FPKM或TPM。没有出现数据校准的记录水平。
作者:罗恩·里奇(aut (cre),约翰•汤普森(aut)
维护人员:罗恩Ammar <罗恩。见bms.com >
从内部引用(R,回车引用(“zFPKM”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zFPKM”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“zFPKM”)
| HTML | R脚本 | 介绍zFPKM转换 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | FeatureExtraction,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL-3 |文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.4.0) |
| 进口 | 使彻底失败,dplyr,ggplot2,tidyr,SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,limma,刨边机,GEOquery,stringr,printr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ronammar/zFPKM/ |
| BugReports | https://github.com/ronammar/zFPKM/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | DGEobj.utils |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | zFPKM_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | zFPKM_1.20.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | zFPKM_1.20.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | zFPKM_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zFPKM |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/zFPKM/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/zFPKM/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
