topdownr

DOI:10.18129 / B9.bioc.topdownr

自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究

Bioconductor版本:发行版(3.16)

自顶向下套件可以自动和系统地调查碎片状况。它创建Thermo Orbitrap Fusion Lumos方法文件来测试数百个碎片条件。此外，它还提供了分析和处理生成的MS数据的功能，并确定最佳条件，以最大化整体碎片覆盖率。

作者:Sebastian Gibb [aut, cre]， Pavel Shliaha [au]， Ole Nørregaard Jensen[法国]

维护者:Sebastian Gibb

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("topdownr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“topdownr”)

超文本标记语言	R脚本	数据生成的自上而下
超文本标记语言	R脚本	使用topdownr进行碎片分析
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文本		新闻

细节

biocViews	报道，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(>= 3.5)，方法，BiocGenerics(> = 0.20.0),ProtGenerics(> = 1.10.0),Biostrings(> = 2.42.1),S4Vectors(> = 0.12.2)
进口	grDevices, stats, tools, utils，Biobase，矩阵(> = 1.4 2),MSnbase(> = 2.3.10),ggplot2(> = 2.2.1),mzR(> = 2.27.5)
链接
建议	topdownrdata(> = 0.2),knitr，rmarkdown，管理员，testthat，BiocStyle，xml2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sgibb/topdownr/
BugReports	https://github.com/sgibb/topdownr/issues/
取决于我	topdownrdata
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	topdownr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	topdownr_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	topdownr_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topdownr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topdownr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topdownr/
包下载报告	下载数据