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signatureSearch
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DOI:10.18129 / B9.bioc.signatureSearch
结合功能富集分析的基因表达搜索环境
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包实现了用于执行基因表达签名(GES)搜索的算法和数据结构，并随后使用专门的富集方法对结果进行功能解释。
作者:段玉柱[aut]， Brendan Gongol [cre, aut]， Thomas Girke [aut]
维护人员:Brendan Gongol
引用(从R中，输入引用(“signatureSearch”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("signatureSearch")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“signatureSearch”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | signatureSearch |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道，DifferentialExpression，去，GeneExpression，KEGG，NetworkEnrichment，测序，软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.10 (R-3.6)(3年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.6.0)，Rcpp，SummarizedExperiment，org.Hs.eg.db |
| 进口 | AnnotationDbi，ggplot2，data.table，ExperimentHub，HDF5Array，magrittr，RSQLite，dplyr，fgsea，尺度、方法、qvalue， stats, utils，reshape2，visNetwork，BiocParallel，fastmatch，reactome.db，矩阵，clusterProfiler，readr，剂量，rhdf5，GSEABase，DelayedArray，BiocGenerics，宠物猫 |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | knitr，testthat，rmarkdown，BiocStyle，signatureSearchData，DT |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/yduan004/signatureSearch/ |
| BugReports | https://github.com/yduan004/signatureSearch/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | signatureSearch_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | signatureSearch_1.12.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | signatureSearch_1.12.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/signatureSearch |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/signatureSearch |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/signatureSearch/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
