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seqCAT
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DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT
高通量测序细胞认证工具包
Bioconductor版本:发行版(3.16)
seqCAT包使用来自高通量测序技术的变体调用数据(以VCF文件的形式)来验证和验证科学研究中使用的生物样本的来源、功能和特征。
作者:Erik Fasterius [aut, cre]
维护者:Erik Fasterius < Erik。Fasterius在outlook.com>
引文(从R内，输入引用(“seqCAT”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“seqCAT”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | seqCAT:高通量测序细胞认证工具包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道，GenomicVariation，测序，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.6)，GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3) |
| 进口 | dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(>= 2.2.1)，网格(>= 3.5.0)，IRanges(>= 2.8.2)，方法rtracklayer，rlang，尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(>= 0.12.2)，统计，SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(>= 0.6.1)， utils |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat，BiocManager |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | seqCAT_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | seqCAT_1.20.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | seqCAT_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | seqCAT_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqCAT |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/seqCAT/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
