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scoreInvHap
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scoreInvHap
获取预定义区域的反转状态
Bioconductor版本:发行版(3.16)
scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入，需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该包包含21个逆序的数据。
作者:Carlos Ruiz [aut]， Dolors Pelegrí [aut]， Juan R. Gonzalez [aut, cre]
维持器:Dolors Pelegri-Siso < Dolors。Pelegri在isglobal.org>
引文(从R内，输入引用(“scoreInvHap”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scoreInvHap”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用scoreInvHap进行基因分型 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 遗传学，GenomicVariation，单核苷酸多态性，软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.6.0) |
| 进口 | Biostrings、方法、snpStats，VariantAnnotation，GenomicRanges，BiocParallel、图形、SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scoreInvHap_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scoreInvHap_1.20.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | scoreInvHap_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | scoreInvHap_1.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scoreInvHap |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
