scTensor

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTensor

利用张量分解检测单细胞RNA-seq数据集的细胞-细胞相互作用

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该算法基于nnTensor的非负塔克分解(NTD2)。

作者:Tsuyuzaki Koki [aut, cre]， Nishida Kozo [aut]

维护者:Koki Tsuyuzaki

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scTensor")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“scTensor”)

超文本标记语言	R脚本	scTensor
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 1。数据格式和ID转换
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 2。HTML报告的解读
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 3。模拟CCI
超文本标记语言	R脚本	scTensor: 4。scTensor结果的再分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，SingleCell，软件
版本	2.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	方法,RSQLite，igraph，S4Vectors，情节，reactome.db，AnnotationDbi，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，nnTensor(> = 1.1.5),ccTensor(> = 1.0.2中),rTensor(> = 1.4.8),abind，plotrix，的热图，tagcloud，rmarkdown，BiocStyle，knitr，AnnotationHub，MeSHDbi(>= 1.29.2)， grDevices, graphics, stats, utils，离群值，类别，meshr(> = 1.99.1),GOstats，ReactomePA，剂量，蜡笔，使彻底失败，BiocManager，visNetwork，schex，ggplot2
链接
建议	testthat，LRBaseDbi，修拉，scTGIF，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	scTensor_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	scTensor_2.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scTensor_2.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scTensor_2.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scTensor
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scTensor
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTensor/
包下载报告	下载数据