- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- ribosomeProfilingQC
ribosomeProfilingQC
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC
核糖体谱分析质量控制
Bioconductor版本:发行版(3.16)
Ribo-Seq(也被称为核糖体分析或脚印)通过直接量化核糖体保护片段(RPFs)来测量翻译组(不同于RNA-Seq，它对转录组进行排序)。该软件包为核糖体分析的质量评估提供了工具。此外，它还可以对Ribo-Seq数据进行预处理，用于后续的微分分析。
作者:欧建宏[aut, cre]
，玛丽亚·霍伊[au]
维护者:Jianhong Ou < Jianhong。或者在duke.edu >
引用(从R中，输入引用(“ribosomeProfilingQC”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ribosomeProfilingQC")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“ribosomeProfilingQC”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | ribosomeProfilingQC装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 报道，GeneRegulation，质量控制，RiboSeq，测序，软件，可视化 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL(>=3) +文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.0),GenomicRanges |
| 进口 | AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，EDASeq，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，IRanges、方法、motifStack，rtracklayer，Rsamtools，RUVSeq，Rsubread，S4Vectors，XVector，ggplot2，ggfittext，尺度，ggrepel跑龙套,集群，统计，图形，网格 |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，刨边机，limma，testthat，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | ribosomeProfilingQC_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ribosomeProfilingQC_1.10.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | ribosomeProfilingQC_1.10.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | ribosomeProfilingQC_1.9.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ribosomeProfilingQC |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ribosomeProfilingQC/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
