rnaseqDTU

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqDTU

三文鱼定量后差异转录本使用的RNA-seq工作流程

Bioconductor版本:发布(3.12)

三文鱼定量后差异转录本使用(DTU)的RNA-seq工作流。该工作流程使用Bioconductor软件包tximport、DRIMSeq和DEXSeq对模拟数据执行DTU分析。它也展示了如何使用stageR来执行DTU的两阶段测试，一个统计框架来筛选基因水平，然后确认哪些转录本在重要的基因显示DTU的证据。

作者:Michael Love [aut, cre]， Charlotte Soneson [aut]， Rob Patro [aut]

维护人员:Michael Love < michaelaiahlove在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rnaseqDTU")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqDTU”)

超文本标记语言

R脚本

三文鱼定量后差异转录本使用的RNA-seq工作流程

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.10.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),DRIMSeq,DEXSeq,经验丰富的人,DESeq2,刨边机,rafalib,devtools
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqDTU/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	rnaseqDTU_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqDTU
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rnaseqDTU
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqDTU/
包下载报告	下载数据