马斯喀特

DOI:10.18129 / B9.bioc.muscat

多试样多群scRNA-seq数据分析工具

Bioconductor版本:版本(3.15)

“马斯喀特”提供了各种方法在多试样DS分析和可视化工具,多群,多(细胞)分组人口scRNA-seq数据,包括具有混合模型和方法基于聚合“pseudobulk”数据,以及灵活的仿真平台,模拟单一和多试样scRNA-seq数据。

作者:海伦娜l . Crowell (aut (cre) Pierre-Luc日尔曼(aut),夏洛特Soneson (aut),安东尼Sonrel (aut),马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护人员:海伦娜·l·Crowell <海伦娜在crowell.eu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马斯喀特”)

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browseVignettes(“马斯喀特”)

HTML	R脚本	1。DS分析
HTML	R脚本	2。数据模拟
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	BiocParallel,blme,ComplexHeatmap,data.table,DESeq2,dplyr,刨边机,ggplot2,glmmTMB、grDevices、网格limma,lmerTest,lme4,矩阵,matrixStats、方法、进步,purrr,S4Vectors,尺度,嘘,天窗,sctransform统计数据,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,variancePartition,冬青
链接
建议	BiocStyle,countsimQC,cowplot,ExperimentHub,iCOBRA,knitr,phylogram,RColorBrewer,reshape2,rmarkdown,statmod,testthat,UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/muscat
BugReports	https://github.com/HelenaLC/muscat/issues
取决于我
进口我
建议我	muscData
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包档案

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源包	muscat_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	muscat_1.10.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	muscat_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马斯喀特
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.15源码包	源存档