beadarray

DOI:10.18129 / B9.bioc.beadarray

Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析

Bioconductor版本:Release (3.15)

该包能够读取由BeadScan输出的串珠级数据(原始tiff和文本文件)以及来自BeadStudio的串珠摘要数据。提供了质量评价和低层次分析的方法。

作者:马克·邓宁，迈克·史密斯，乔纳森·凯恩斯，安迪·林奇，马特·里奇

维护者:Mark Dunning

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“beadarray”)

PDF	R脚本	beadarray.pdf
PDF	R脚本	beadlevel.pdf
PDF	R脚本	beadsummary.pdf
PDF	R脚本	ImageProcessing.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.46.0
在Bioconductor	BioC 1.8 (R-2.3)(16年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 2.13.0)，BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8),hexbin
进口	BeadDataPackR，limma，AnnotationDbistats4,reshape2，GenomicRanges，IRanges，illuminaio、方法、ggplot2
链接
建议	光民，vsn，affy，hwriter，beadarrayExampleData，illuminaHumanv3.db，gridExtra，BiocStyle，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，ggbio，喷嘴。R1，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	beadarrayExampleData
进口我	arrayQualityMetrics，BeadArrayUseCases，blima，epigenomix
建议我	beadarraySNP，blimaTestingData，光民
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	beadarray_2.46.0.tar.gz
Windows二进制	beadarray_2.46.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	beadarray_2.46.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/beadarray
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
软件包下载报告	下载数据