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SBGNview
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview
“SBGNview:数据分析、整合和可视化SBGN通路”
Bioconductor版本:版本(3.16)
SBGNview visalization是基于通路的工具集数据,整合和分析。SBGNview相似和互补Pathview广泛使用,具有以下主要特点:1。广泛采用系统生物学途径定义的图形符号(SBGN);2。支持多个主要途径除了KEGG数据库(Reactome、MetaCyc SMPDB,豹,METACROP)和用户定义的路径;3所示。占地5200引用默认路径和超过3000种;4所示。广泛的图形控件,包括字形和边缘属性图布局和sub-pathway突出;5。 SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.
作者:小希盾*,Kovidh Vegesna *, Weijun罗
维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >
从内部引用(R,回车引用(“SBGNview”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SBGNview”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SBGNview”)
| HTML | R脚本 | 使用SBGNview通路分析基因集 |
| HTML | R脚本 | 快速启动SBGNview |
| HTML | R脚本 | SBGNview功能 |
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细节
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| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(3年) |
| 许可证 | AGPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.6),pathview,SBGNview.data |
| 进口 | RdpackgrDevices,方法,属性,跑龙套,xml2,rsvg,igraph,rmarkdown,knitr,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,httr,KEGGREST,bookdown |
| 链接 | |
| 建议 | testthat,计 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/datapplab/SBGNview |
| BugReports | https://github.com/datapplab/SBGNview/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SBGNview_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SBGNview_1.12.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | SBGNview_1.12.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | SBGNview_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SBGNview |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SBGNview/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
