报告工具

doi：10.18129/b9.bioc.ReportingTools

以各种格式制作报告的工具

生物导体版本：版本（3.13）

ReportingTools软件包使用户可以轻松显示从微阵列和测序数据等来源生成的分析结果的报告。该软件包允许用户创建可以在Web浏览器（例如Safari）或其他程序（例如Excel）读取的格式上查看的HTML页面。用户可以生成具有可排序和可过滤列的表格，制造和显示图，以及链接到其他数据源的链接表条目，例如NCBI或HTML页面中的较大图。使用该软件包，用户还可以生产一个目录页面，以将各种报告链接在一起，以在Web浏览器中查看的特定项目。有关更多示例，请访问我们的网站：http：// research-pub.gene.com/reportingtools。

作者：Jason A. Hackney，Melanie Huntley，Jessica L. Larson，Christina Chaivorapol，Gabriel Becker和Josh Kaminker

维护人员：Jason A. Hackney ，Gabriel Becker ，Jessica L. Larson >

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ reportingingtools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ reportingtools”）

html	R脚本	Knitr和报告工具
PDF	R脚本	报告微阵列差分表达式
PDF	R脚本	报告RNA-Seq差异表达
PDF	R脚本	ReportingTools基础知识
PDF	R脚本	报告工具有光泽
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.32.0
在生物导体中	Bioc 2.11（R-2.15）（8。5年）
执照	艺术2.0
要看	方法，尼特，UTILS
进口	生物酶，，，，HWRITER，，，，类别，，，，gostats，，，，林玛（> = 3.17.5），格子，，，，AnnotationDbi，，，，EDGER，，，，注释，，，，pfam.db，，，，gseabase，，，，生物基因（> = 0.1.6），网格，XML，，，，r.utils，，，，deseq2（> = 1.3.41），GGPLOT2，，，，GGBIO，，，，iranges
链接
建议	运行，，，，全部，，，，HGU95AV2.DB，，，，org.mm.eg.db，，，，闪亮的，，，，帕西拉，，，，org.sc.sgd.db
系统要求
增强
URL
取决于我	rnaseqgene
进口我	Affycoretools
建议我	CPVSNP，，，，富集兄弟，，，，gseabase，，，，NPGSEA
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	reportingtools_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	reportingtools_2.32.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	reportingtools_2.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/reportingtools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/报告工具
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/reportingtools/
软件包下载报告	下载统计