EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

RNA-Seq探索性数据分析与归一化

Bioconductor版本:发行版(3.15)

RNA-Seq读取数据的数字和图形摘要。为调整gc含量效应(或其他基因水平效应)对读取计数的lane内归一化程序:黄土鲁棒局部回归、全局标度和全分位数归一化(Risso等，2011)。用于调整车道间分布差异(例如，测序深度)的车道间归一化程序:全局缩放和全分位数归一化(Bullard等人，2010)。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("EDASeq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“EDASeq”)

超文本标记语言	R脚本	EDASeq装饰图案
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.30.0
在Bioconductor公司	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics，IRanges(> = 1.13.9),aroma.light，Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt，Biostrings，AnnotationDbi，GenomicFeatures，GenomicRanges，BiocManager
链接
建议	BiocStyle，knitr，yeastRNASeq，leeBamViews，刨边机，KernSmooth，testthat，DESeq2，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
全靠我	RUVSeq
进口我	consensusDE，DaMiRseq，metaseqR2，ribosomeProfilingQC
建议我	awst，bigPint，DEScan2，easyreporting，HTSFilter，TCGAbiolinks
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	EDASeq_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	EDASeq_2.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	EDASeq_2.30.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EDASeq . exe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/
软件包下载报告	下载数据