地区
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DOI:10.18129 / B9.bioc.regioneR
基于排列试验的基因组区域关联分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
regioneR提供了一个基于可定制排列测试的统计框架，以评估基因组区域集和其他基因组特征之间的关联。
作者:Anna Diez-Villanueva
维护者:Bernat Gel
引用(从R中，输入引用(“区域”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("regioneR")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“区域”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 地区的装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，MethylSeq，软件 |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | GenomicRanges |
| 进口 | memoise，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，Biostrings，rtracklayer，并行，图形，统计，工具，方法，GenomeInfoDb，S4Vectors、工具 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | karyoploteR，regioneReloaded |
| 进口我 | annotatr，ChIPpeakAnno，CNVfilteR，CopyNumberPlots，karyoploteR，RgnTX，RIPAT，RLSeq，UMI4Cats |
| 建议我 | CNVRanger，EpiMix |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | regioneR_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | regioneR_1.30.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | regioneR_1.30.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | regioneR_1.30.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/regioneR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/regioneR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/regioneR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
