后代

DOI:10.18129 / B9.bioc.progeny

从基因表达推断活性的通路响应基因

Bioconductor版本:发行版(3.16)

PROGENy是一种资源，它利用了大量公开可用的信号扰动实验，以产生人类和小鼠通路响应基因的共同核心。这些，加上任何统计方法，可以用来推断通路活动从批量或单细胞转录组。

作者:Michael Schubert [aut]， Alberto Valdeolivas [ctb]——克里斯蒂安·h·霍兰德[ctb]，伊戈尔·布拉诺夫[ctb]， Aurélien杜古尔德[cre, ctb]

维护者:Aurélien Dugourd

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“后代”)

超文本标记语言	R脚本	PROGENy通路特征
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，软件，SystemsBiology
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	Apache License(== 2.0) |文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	Biobase统计数据,dplyr，tidyr，ggplot2，ggrepel，gridExtra，解耦，reshape2
链接
建议	气道，biomaRt，BiocFileCache，扫帚，修拉，SingleCellExperiment，DESeq2，BiocStyle，knitr，readr，readxl，pheatmap，宠物猫，rmarkdown，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/progeny
BugReports	https://github.com/saezlab/progeny/issues
全靠我
进口我	更容易
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	progeny_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	progeny_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	progeny_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	progeny_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/progeny
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/子代
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/progeny/
软件包下载报告	下载数据