plotgardener

DOI:10.18129 / B9.bioc.plotgardener

基于坐标的基因组可视化包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

R.基于坐标的基因组可视化包，它使用户能够以编程方式生成复杂的、多面板的图形。为基因组学量身定制，plotgardener允许用户可视化大型复杂的基因组数据集，并提供对如何放置和安排在页面上的图形的精细控制。

作者:妮可·克莱默[aut, cre]埃里克·s·戴维斯[au]，克雷格·温格[au]， Sarah Parker [ctb]， Erika Deoudes [art]， Michael Love [ctb]， Douglas H. Phanstiel [aut, cph]

维护者:Nicole Kramer

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("plotgardener")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“plotgardener”)

超文本标记语言	R脚本	介绍plotgardener
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics，GenomeAnnotation，GenomeAssembly，嗝，软件，可视化
版本	1.4.1
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	旋度，data.table，dplyr、grDevices、网格ggplotify，IRanges、方法、plyranges，purrr，Rcpp，RColorBrewer，rlang统计数据,strawr、工具、跑龙套
链接	Rcpp
建议	AnnotationDbi，AnnotationHub，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，ComplexHeatmap，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，GenomicRanges，ggplot2，InteractionSet，knitr，org.Hs.eg.db，rtracklayer，plotgardenerData，png，rmarkdown，尺度，showtext，testthat(> = 3.0.0),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://phanstiellab.github.io/plotgardenerhttps://github.com/PhanstielLab/plotgardener
BugReports	https://github.com/PhanstielLab/plotgardener/issues
取决于我
进口我	Ularcirc
建议我	nullranges
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	plotgardener_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	plotgardener_1.4.1.zip
macOS二进制(x86_64)	plotgardener_1.4.1.tgz
macOS二进制(arm64)	plotgardener_1.3.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plotgardener
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ plotgardener
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/plotgardener/
包下载报告	下载数据
bioc3.16的旧源包	源存档