peakPantheR

DOI:10.18129 / B9.bioc.peakPantheR

高分辨率实验的峰拾取与标注

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于检测、集成和报告大量质谱数据文件中预定义特征的自动化管道。它支持对单个文件中的多个化合物进行实时注释，或对多个文件中的多个化合物进行并行注释。图形用户界面和命令行函数将帮助评估注释的质量并更新拟合参数，直到获得令人满意的结果。

作者:Arnaud Wolfer [aut, cre]， Goncalo Correia [au]，杰克·皮尔斯[ctb]，卡罗琳·桑兹[ctb]

维护者:Arnaud Wolfer

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“peakPantheR”)

超文本标记语言	R脚本	开始使用peakPantheR包
超文本标记语言	R脚本	平行的注释
超文本标记语言	R脚本	图形用户界面
超文本标记语言	R脚本	实时注释
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，PeakDetection，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)
进口	foreach(> = 1.4.4),doParallel(> = 1.0.11),ggplot2(> = 3.3.0),gridExtra(> = 2.3),MSnbase(> =测试盒框),mzR(> = 2.12.0),stringr(>= 1.2.0)，方法(>= 3.4.0)，XML(> = 3.98.1.10),minpack.lm(> = 1.2.1),尺度(> = 0.5.0),闪亮的(> = 1.0.5),bslib，shinycssloaders(> = 1.0.0),DT(> = 0.15),pracma(>= 2.2.3)， utils
链接
建议	testthat，devtools，faahKO，msdata，knitr，rmarkdown，老鸨，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/phenomecentre/peakPantheR
BugReports	https://github.com/phenomecentre/peakPantheR/issues/new
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	peakPantheR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	peakPantheR_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	peakPantheR_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	peakPantheR_1.11.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/peakPantheR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/peakPantheR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/peakPantheR/
软件包下载报告	下载数据