pareg

DOI:10.18129 / B9.bioc.pareg

使用正则化回归方法进行路径富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

计算路径富集分数，同时考虑学期关系。该软件包使用正则化多元线性回归回归从路径隶属度矩阵上的多条件实验中获得的差分表达式p值。通过这样做，它能够将额外的生物学知识纳入富集分析，并更可靠地估计通路富集分数。

作者:Kim Philipp Jablonski [aut, cre]

维护者:Kim Philipp Jablonski < Kim . Philipp。Jablonski在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pareg”)

超文本标记语言	R脚本	开始
超文本标记语言	R脚本	路径的相似之处
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，回归，软件，StatisticalMethod
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)，tensorflow(> = 2.2.0),tfprobability(> = 0.10.0)
进口	统计数据,tidyr，purrr，furrr，宠物猫，胶水，tidygraph，igraph，代理，dplyr，magrittr，ggplot2，ggraph，rlang，进步，矩阵，matrixLaplacian，keras，nloptr，shadowtext、方法、剂量，stringr，网状
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,BiocStyle，formatR，devtools，plotROC，PRROC，mgsa，topGO，msigdbr，betareg，fgsea，ComplexHeatmap，GGally，ggsignif，circlize，enrichplot，ggnewscale，tidyverse，cowplot，ggfittext
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/pareg
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/pareg/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pareg_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	pareg_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pareg
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pareg
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pareg/
软件包下载报告	下载数据