openPrimeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.openPrimeR

多重PCR引物的设计和分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

设计的实现方法,评估和比较多元PCR引物组。引物设计等解决一组覆盖问题,覆盖模板序列的数量最大化最小的一组引物。只保证生成高质量的引物,引物满足限制他们的选择物理化学性质。一个闪亮的应用提供一个用户界面的功能包提供的“openPrimeRui”包。

作者:马提亚多尔(aut (cre),尼科Pfeifer (aut)

维护人员:马提亚多尔< matthias-doering在gmx.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“openPrimeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“openPrimeR”)

HTML	R脚本	openPrimeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,MultipleComparison,软件,技术
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	Biostrings(> = 2.38.4),XML(> = 3.98 - -1.4),尺度(> = 0.4.0),reshape2(> = 1.4.1),seqinr(3.3 > = 3),IRanges(> = 2.4.8),GenomicRanges(> = 1.22.4),ggplot2(> =魅惑,plyr(> = 1.8.4),dplyr(> = 0.5.0),stringdist(> = 0.9.4.1),stringr(> = 1.0.0),RColorBrewer(> = 1.1 - 2),解读(> = 1.16.1),lpSolveAPI(> = 5.5.2.0-17),消化(> = 0.6.9),Hmisc(> = 3.17 - 4),猿(> = 3.5),BiocGenerics(> = 0.16.1),S4Vectors(0.8.11 > =外观),foreach(> = 3),magrittr(> = 1.5),分配(> = 2.6),distrEx(> = 2.6),fitdistrplus(1.0 > = 7),uniqtag(> = 1.0),openxlsx(> = 4.0.17)、网格(> = 3.1.0)grDevices(> = 3.1.0),数据(> = 3.1.0)utils(> = 3.1.0)、方法(> = 3.1.0)
链接
建议	testthat(> = 1.0.2中),knitr(> = 1.13),rmarkdown(> = 1.0),devtools(> = 1.12.0),doParallel(> = 1.0.10),老鸨(> = 0.6.0),learnr(> = 0.9)
SystemRequirements	MAFFT (> = 7.305), OligoArrayAux (> = 3.8), ViennaRNA(> = 2.4.1),融化(> = 5.1.1),Pandoc (> = 1.12.3)
增强了
URL
取决于我	openPrimeRui
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	openPrimeR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	openPrimeR_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	openPrimeR_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	openPrimeR_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/openPrimeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ openPrimeR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/openPrimeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/openPrimeR/
包下载报告	下载数据