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oncomix
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DOI:10.18129 / B9.bioc.oncomix
从肿瘤正常mRNA表达数据识别肿瘤亚群中过表达基因
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包有助于识别相对于正常组织，肿瘤亚群中过度表达的mrna。理想的输入是来自许多患者同一组织的配对肿瘤-正常数据(>15对)。这种无监督的方法依赖于观察，即癌基因仅在人群中的一部分肿瘤中具有特征性的过表达，并且可能有助于仅根据先前未知亚型之间mRNA表达的差异来识别癌基因候选。
作者:丹尼尔·皮克，约翰·格雷利，杰西卡·马
维护者:Daniel Pique < Daniel。Pique在med.einstein.yu.edu>
引文(从R内，输入引用(“oncomix”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“oncomix”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | OncoMix装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression，测序，软件 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.4.0) |
| 进口 | ggplot2，ggrepel，RColorBrewer，mclust统计数据,SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，RMySQL |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | oncomix_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | oncomix_1.20.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | oncomix_1.20.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | oncomix_1.20.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncomix |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oncomix |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/oncomix/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/oncomix/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
