ompBAM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ompBAM

c++库用于基于openmp的二进制对齐映射(BAM)文件的多线程顺序剖析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包为希望创建处理BAM文件的R包的开发人员提供了c++头文件。bob电竞体育官网ompBAM自动化文件访问、内存管理和“幕后”多线程处理，因此开发人员可以专注于创建特定于领域的功能。bob电竞体育官网附带的小插图包含此API的详细文档，包括创建新的基于ompBAM的包的快速入门说明，以及ompBAM中包含的打包示例背后的功能的逐步解释。

作者:Alex Chit Hei Wong [aut, cre, cph]

维护者:Alex Chit Hei Wong

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ompBAM”)

超文本标记语言	R脚本	ompBAM API文档
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，DataImport，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	跑龙套,Rcpp，zlibbioc
链接
建议	RcppProgress，knitr，rmarkdown，roxygen2，devtools，usethis，desc，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/ompBAM
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我
进口我	SpliceWiz
建议我
链接到我	SpliceWiz
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ompBAM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ompBAM_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ompBAM_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ompBAM_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ompBAM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ompBAM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ompBAM/
软件包下载报告	下载数据