nullranges

DOI:10.18129 / B9.bioc.nullranges

通过自举或协变量匹配生成空范围

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于生成表示零假设的范围集的模块包。这些可以采取范围的自举样本的形式(使用Bickel等人2010年的块自举框架)，或者跨一个或多个协变量匹配的控制范围集。nullranges设计为可与其他包互操作，用于基因组重叠富集分析，包括plyranges Bioconductor包。

作者:Michael Love [aut, cre]， Wancen Mu [aut]，埃里克·戴维斯[aut]——道格拉斯·潘斯蒂尔[au]，斯图尔特·李[au]，米哈伊尔·多兹莫洛夫[ctb]，蒂姆·特里切[ctb]， CZI [fnd]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“nullranges”)

超文本标记语言	R脚本	0.nullranges简介
超文本标记语言	R脚本	1.matchRanges概述
超文本标记语言	R脚本	2.案例研究一:CTCF占用率
超文本标记语言	R脚本	3.案例研究二:CTCF定位
超文本标记语言	R脚本	4.分段块引导
超文本标记语言	R脚本	5.无分段块引导
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细节

biocViews	ATACSeq，注释，ChIPSeq，DNaseSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneTarget，GenomeAnnotation，GenomeWideAssociation，HiddenMarkovModel，HistoneModification，RNASeq，软件，可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	统计数据,IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb、方法、rlang，S4Vectors，尺度，InteractionSet，ggplot2grDevices,plyranges，ks，speedglm，data.table，进步，ggridges
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，DNAcopy，RcppHMM，AnnotationHub，ExperimentHub，nullrangesData，excluderanges，ensembldb，EnsDb.Hsapiens.v86，微基准测试，拼接而成，plotgardener，magrittr，tidyr，钴
SystemRequirements
增强了
URL	https://nullranges.github.io/nullrangeshttps://github.com/nullranges/nullranges
BugReports	https://support.bioconductor.org/tag/nullranges/
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	nullranges_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	nullranges_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	nullranges_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	nullranges_1.3.10.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nullranges
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nullranges
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nullranges/
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