nnSVG

DOI:10.18129 / B9.bioc.nnSVG

空间解析转录组数据中空间可变基因的可扩展识别

Bioconductor版本:发行版(3.16)

空间解析转录组数据中空间可变基因(SVGs)的可扩展识别方法。该方法基于最近邻高斯过程，采用BRISC算法进行模型拟合和参数估计。允许识别和排序svg具有灵活的长度尺度横跨组织切片或在协变量定义的空间域内。随空间位置的数量线性扩展，可应用于包含数千或更多空间位置的数据集。

作者:卢卡斯·m·韦伯斯蒂芬妮·c·希克斯[au]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("nnSVG")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	nnSVG教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，预处理，SingleCell，软件，空间，转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	SpatialExperiment，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BRISC，BiocParallel，矩阵，matrixStats、统计数据、方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，STexampleData，食物，ggplot2，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/nnSVG
BugReports	https://github.com/lmweber/nnSVG/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	nnSVG_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	nnSVG_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	nnSVG_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	nnSVG_1.1.13.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nnSVG
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nnSVG
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/nnSVG/
包下载报告	下载数据