netZooR

DOI:10.18129 / B9.bioc.netZooR

基因调控网络推理与分析的统一方法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

netZooR通过创建网络推理和网络分析方法之间的接口，将几个Network Zoo方法(netzoo, netzoo.github.io)的实现统一到一个包中。目前，该软件包有3种网络推理方法，包括PANDA及其优化实现OTTER(多行生物证据网络重建)、LIONESS(单样本网络推理)和EGRET(基因型特异性网络)。网络分析方法包括CONDOR(群落检测)、ALPACA(差分群落检测)、CRANE(差分模块显著性估计)、MONSTER(网络过渡状态估计)。此外，YARN允许处理用于组织特异性分析的基因表达数据，而SAMBAR则可以根据路径信息推断缺失的突变数据。

作者:Marouen Ben Guebila [aut, cre]，王田[au]， John Platig [au]， Marieke Kuijjer [au]， Megha Padi [au]， rebecca Burkholz [aut]， Des Weighill [aut]，凯特·舒塔[ctb]

维护者:Marouen Ben Guebila

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("netZooR")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	秃鹰
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，微阵列，网络，NetworkInference，软件，转录
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0),igraph，网状，pandaR，纱
进口	RCy3，viridisLite，STRINGdb，Biobase，GOstats，AnnotationDbi，matrixStats，GO.db，org.Hs.eg.db，矩阵，gplots，nnet，data.table，素食主义者,统计,跑龙套,重塑，reshape2，处罚平行,doParallel，foreach，ggplot2，ggdendro、网格质量，为了，tidyr、方法、dplyr、图形
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr，rmarkdown，pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/netZoo/netZooRhttps://netzoo.github.io/
BugReports	https://github.com/netZoo/netZooR/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	netZooR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	netZooR_1.1.15.zip
macOS二进制(x86_64)	netZooR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	netZooR_1.1.15.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netZooR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netZooR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netZooR/
包下载报告	下载数据