马斯喀特

DOI:10.18129 / B9.bioc.muscat

多样本多组scRNA-seq数据分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

“muscat”提供了多种方法和可视化工具，用于多样本、多组、多(细胞)亚种群scRNA-seq数据的DS分析，包括细胞级混合模型和基于聚合“伪体”数据的方法，以及一个灵活的模拟单样本和多样本scRNA-seq数据的仿真平台。

作者:海伦娜l . Crowell (aut (cre) Pierre-Luc日尔曼(aut),夏洛特Soneson (aut),安东尼Sonrel (aut),马克·d·罗宾逊(aut(曾经)

维护者:Helena L. Crowell < Helena at Crowell .eu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("muscat")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“马斯喀特”)

超文本标记语言	R脚本	1.DS分析
超文本标记语言	R脚本	2.数据模拟
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，StatisticalMethod，可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	BiocParallel，blme，ComplexHeatmap，data.table，DESeq2，dplyr，刨边机，ggplot2，glmmTMB、grDevices、网格limma，lmerTest，lme4，矩阵，matrixStats、方法、进步，purrr，S4Vectors，尺度，嘘，天窗，sctransform统计数据,SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，variancePartition，冬青
链接
建议	BiocStyle，countsimQC，cowplot，ExperimentHub，iCOBRA，knitr，phylogram，RColorBrewer，reshape2，rmarkdown，statmod，testthat，UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/muscat
BugReports	https://github.com/HelenaLC/muscat/issues
取决于我
进口我
建议我	muscData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	muscat_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	muscat_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	muscat_1.11.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/muscat
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马斯喀特
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/muscat/
包下载报告	下载数据