motifStack

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifStack

绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠标志

Bioconductor版本:发行版(3.16)

motifStack包是为具有不同相似度分数的多个图案的图形表示而设计的。它同时适用于DNA/RNA序列基序和氨基酸序列基序。此外，它还为用户提供了自定义图形参数(如字体类型和符号颜色)的灵活性。

作者:欧建宏，Michael Brodsky, scott Wolfe，朱丽华

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。或者在duke.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("motifStack")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“motifStack”)

超文本标记语言	R脚本	motifStack装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，ChIPchip，DataImport，微阵列，MotifAnnotation，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.42.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 2.15.1)，方法，网格
进口	ade4，Biostrings，ggplot2grDevices图形,htmlwidgets， stats, stats4, utilsXML，TFBSTools
链接
建议	grImport，grImport2，BiocGenerics，MotifDb，RColorBrewer，BiocStyle，knitr，RUnit，rmarkdown，JASPAR2020
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	generegulation
进口我	ATACseqQC，atSNP，dagLogo，LowMACA，motifbreakR，ribosomeProfilingQC，TCGAWorkflow
建议我	ChIPpeakAnno，TFutils，trackViewer，tripr，universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	motifStack_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	motifStack_1.42.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	motifStack_1.42.0.tgz
macOS二进制(arm64)	motifStack_1.41.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifStack
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/
包下载报告	下载数据