单片眼镜

DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Monocle对单细胞表达实验进行差异表达和时间序列分析。它根据生物过程的进展对单个细胞进行排序，而事先不知道是哪些基因决定了该过程的进展。Monocle还对单细胞表达数据执行差异表达分析、聚类、可视化和其他有用的任务。它设计用于RNA-Seq和qPCR数据，但也可以用于其他类型的数据。

作者:Cole Trapnell

维护者:Cole Trapnell

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("monocle")

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文档

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PDF	R脚本	单镜:单细胞RNA-Seq实验的细胞计数、差异表达和轨迹分析
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，DataRepresentation，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，MultipleComparison，质量控制，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	2.26.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，矩阵(> = 1.2 6),Biobase，ggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 6),DDRTree(> = 0.1.4)
进口	平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenerics，HSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr，集群，combinat，fastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStats，Rtsne，质量，reshape2，leidenbase(> = 0.1.9),limma，宠物猫，dplyr，qlcMatrix，pheatmap，stringr，代理，大满贯，冬青统计数据,biocViews，RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	命运，Hmisc，knitr，修拉，嘘，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	西塞罗，ctgGEM，phemd
进口我	的作用
建议我	M3Drop，食物，sincell
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包档案

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源包	monocle_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	monocle_2.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	monocle_2.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	monocle_2.26.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/monocle
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monocle/
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