metavizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.metavizr

用于交互宏基因组数据分析和可视化的metaviz web应用程序的R接口

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包为metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)提供Websocket通信，用于宏基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以在图中显示，数据可以使用facetzoom可视化来探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如，mreexperiment对象)，同时提供一种简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo [cre, aut]， Florin Chelaru [aut]， Justin Wagner [aut]， Jayaram Kancherla [aut]， Joseph Paulson [aut]

维护者:Hector Corrada Bravo

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“metavizr”)

超文本标记语言	R脚本	metavizr简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GUI，ImmunoOncology，基础设施，宏基因组，软件，可视化
版本	1.21.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)，metagenomeSeq(>= 1.17.1)，方法，data.table，Biobase，消化
进口	epivizr，epivizrData，epivizrServer，epivizrStandalone，素食主义者，GenomeInfoDb，phyloseq，httr
链接
建议	knitr，BiocStyle，matrixStats，msd16s(> = 0.109.1),etec16s，testthat，gss，ExperimentHub，tidyr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	metavizr_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metavizr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/metavizr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/
软件包下载报告	下载数据