模因
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DOI:10.18129 / B9.bioc.memes
主题匹配，比较，和从头发现使用MEME套件
Bioconductor版本:发行版(3.16)
一个无缝接口的MEME套件系列工具的主题分析。“模因”提供了数据感知实用工具，使用GRanges对象作为主题分析的入口点，用于检查和编辑主题列表的数据结构，以及新颖的数据可视化。“模因”函数和数据结构都适用于基本R和tidyverse工作流。
作者:斯宾塞·尼斯特罗姆[aut, cre, cph]
维护:Spencer Nystrom
引文(从R内，输入引用(“模因”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“模因”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | ChIP-seq分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | Denovo Motif发现使用DREME |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 安装模因 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | Motif比较使用TomTom |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用AME进行Motif富集测试 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | Motif扫描使用FIMO |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 整理主题元数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport，FunctionalGenomics，GeneRegulation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，SequenceMatching，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | Biostrings，dplyr，cmdfun(> = 1.0.2中),GenomicRanges，ggplot2，ggseqlogo，magrittr，matrixStats、方法、拼接而成，processx，purrr，rlang，readr，统计，工具，宠物猫，tidyr跑龙套,usethis，universalmotif1.9.3 (> =)xml2 |
| 链接 | |
| 建议 | cowplot，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，forcats，testthat(> =魅惑,knitr，MotifDb，pheatmap，PMCMRplus，plyranges(> = 1.9.1),rmarkdown，covr |
| SystemRequirements | Meme套件(v5.3.3或以上) |
| 增强了 | |
| URL | https://snystrom.github.io/memes/https://github.com/snystrom/memes |
| BugReports | https://github.com/snystrom/memes/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | ggmotif |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | memes_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | memes_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | memes_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | memes_1.5.2.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/memes |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/memes |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/memes/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
