maftools

DOI:10.18129 / B9.bioc.maftools

总结、分析和可视化MAF文件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

分析和可视化突变注释格式(MAF)文件的大规模测序研究。该软件包提供了各种功能，以执行癌症基因组学中最常用的分析，并以最小的努力创建功能丰富的可定制可视化。

作者:Anand Mayakonda [aut, cre]

维护人员:Anand Mayakonda

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maftools")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“maftools”)

超文本标记语言	R脚本	01:总结、分析和可视化MAF文件
超文本标记语言	R脚本	02:定制oncoplots
超文本标记语言	R脚本	03:癌症报告
超文本标记语言	R脚本	04:拷贝数分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DNASeq，DataRepresentation，DriverMutation，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，测序，软件，SomaticMutation，生存，VariantAnnotation，可视化
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	data.table、grDevices、方法RColorBrewer，Rhtslib，生存，DNAcopy
链接	Rhtslib，zlibbioc
建议	berryFunctions，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，GenomicRanges，IRanges，knitr，mclust，MultiAssayExperiment，NMF，R.utils，RaggedExperiment，rmarkdown，S4Vectors，pheatmap，旋度
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/PoisonAlien/maftools
BugReports	https://github.com/PoisonAlien/maftools/issues
取决于我
进口我	CIMICE，katdetectr，musicatk，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	GenomicDataCommons，MultiAssayExperiment，survtype，TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	maftools_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	maftools_2.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	maftools_2.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	maftools_2.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ maftools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/maftools/
包下载报告	下载数据