lineagespot

DOI:10.18129 / B9.bioc.lineagespot

利用下一代测序技术检测废水样品中的SARS-CoV-2谱系

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Lineagespot是一个用R编写的框架，旨在基于单个(或列表)变种文件(即变种调用格式)识别与SARS-CoV-2相关的突变。该方法可以利用下一代测序技术检测废水样品中的SARS-CoV-2谱系，并试图推断SARS-CoV-2谱系的潜在分布。

作者:Nikolaos Pechlivanis， Maria Tsagiopoulou [aut]， Maria Christina Maniou [aut]， Anastasis togkousidou [aut]， Evangelia Mouchtaropoulou [aut]， Taxiarchis Chassalevris [aut]， Serafeim Chaintoutis [aut]， Chrysostomos Dovas [aut]， Maria Petala [aut]， Margaritis Kostoglou [aut]， Thodoris Karapantsios [aut]， Stamatia Laidou [aut]， Elisavet Vlachonikola [aut]， Aspasia Orfanou [aut]， Styliani-Christina Fragkouli [aut]， Sofoklis Keisaris [aut]， Anastasia Chatzidimitriou [aut]， Agis Papadopoulos [aut]，Nikolaos Papaioannou [aut]， Anagnostis Argiriou [aut]， Fotis E. Psomopoulos [aut]

维护者:Nikolaos Pechlivanis

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" lineagspot ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“lineagespot”)

超文本标记语言	R脚本	lineagespot用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	VariantAnnotation，MatrixGenerics，SummarizedExperiment，data.table，stringr，httr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，RefManageR，rmarkdown，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot
BugReports	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	lineagespot_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	lineagespot_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	lineagespot_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	lineagespot_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lineagespot
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lineagespot
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lineagespot/
包下载报告	下载数据