karyoploteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.karyoploteR

绘制显示任意数据的可定制线性基因组

Bioconductor版本:发行版(3.16)

核型图可以创建任意基因组的核型图，并提供一套完整的功能来绘制任意数据。它模仿了许多R基图形函数，将它们与坐标变化函数耦合，自动将染色体和数据坐标映射到图坐标。除了提供的数据绘图函数外，还可以很容易地添加新函数。

作者:Bernat Gel

维护器:Bernat Gel

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("karyoploteR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“karyoploteR”)

超文本标记语言	R脚本	karyoploteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，CopyNumberVariation，报道，DNASeq，DataImport，MethylSeq，OneChannel，测序，软件，可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),地区，GenomicRanges、方法
进口	地区，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools、统计数据、图表、memoise，rtracklayer，GenomeInfoDb，S4Vectors，biovizBase，消化，贝塞尔曲线，GenomicFeatures，bamsignals，AnnotationDbigrDevices,VariantAnnotation
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，testthat，magrittr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bernatgel/karyoploteR
BugReports	https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues
取决于我	CopyNumberPlots
进口我	CNVfilteR，CNViz，multicrispr，RIPAT
建议我	类别，EpiMix
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	karyoploteR_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	karyoploteR_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	karyoploteR_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	karyoploteR_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/karyoploteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ karyoploteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/karyoploteR/
包下载报告	下载数据