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infercnv
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DOI:10.18129 / B9.bioc.infercnv
从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变化
Bioconductor版本:发行版(3.16)
利用单细胞RNA-Seq表达可视化细胞内CNV。
作者:Timothy Tickle [aut]， Itay Tirosh [aut]， Christophe Georgescu [aut, cre]， Maxwell Brown [aut]， Brian Haas [aut]
维护:Christophe Georgescu
引文(从R内，输入引用(“infercnv”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“infercnv”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 单细胞RNA-Seq表达数据中大规模拷贝数变化的可视化 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 贝叶斯，CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，SingleCell，软件，StatisticalMethod，StructuralVariation，转录组，VariantDetection |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年) |
| 许可证 | BSD_3_clause +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | 图形、grDevicesRColorBrewer，gplots，futile.logger，统计，utils，方法，猿，phyclust，矩阵，fastcluster，parallelDist，dplyr，HiddenMarkov，ggplot2，刨边机，硬币，caTools，消化，RANN，igraph，reshape2，rjags，fitdistrplus，未来，foreach，doParallel，修拉，BiocGenerics，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，tidyr平行,coda，gridExtra，argparse |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | 缺口4. x.y |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki |
| BugReports | https://github.com/broadinstitute/inferCNV/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | SCpubr |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | infercnv_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | infercnv_1.14.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | infercnv_1.14.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | infercnv_1.13.1.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/infercnv |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/infercnv/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
