hiAnnotator

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiAnnotator

注释GRanges对象的函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

hiAnnotator包含一组函数，允许用户使用自定义的注释集注释GRanges对象。这个包的基本原理是使用两个具有公共序列名集(即染色体)的GRanges对象(query & subject)，并从匹配序列名和主题(即基因或cpg岛)的查询中返回每个序列名和行相关的注释。该包提供了三种类型的注释函数，用于计算查询中的位置是:在一个特征内，靠近一个特征，还是在定义的窗口大小中计算特征。此外，每个功能都配备了并行后端，以利用foreach包。此外，该包还配备了包装器函数，用于从公共数据帧中查找生成GRanges对象所需的适当列。

作者:Nirav V Malani

维护者:Nirav V Malani

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“hiAnnotator”)

超文本标记语言	R脚本	使用hiAnnotator
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细节

biocViews	注释，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	GenomicRanges， r (>= 2.10)
进口	foreach，迭代器，rtracklayer，dplyr，BSgenome，ggplot2，尺度、方法
链接
建议	knitr，doParallel，testthat，BiocGenerics，减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	hiReadsProcessor
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	hiAnnotator_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	hiAnnotator_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	hiAnnotator_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	hiAnnotator_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiAnnotator
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hiAnnotator
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hiAnnotator/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hiAnnotator/
软件包下载报告	下载数据