ggtree

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggtree

一个用于树和注释数据可视化的R包

Bioconductor版本:Release (3.15)

'ggtree'扩展了'ggplot2'绘图系统，实现了图形语法。“ggtree”用于系统发育树和其他树形结构及其注释数据的可视化和注释。

作者:余光创[aut, cre, cph]、林赞玉[aut, ths]、徐双斌[aut]、李林[ctb]、Bradley Jones [ctb]、Justin Silverman [ctb]、Watal M. Iwasaki [ctb]、夏永和[ctb]、黄瑞珠[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ggtree”)

超文本标记语言	R脚本	ggtree
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，聚类，DataImport，MultipleSequenceAlignment，系统发生学，ReproducibleResearch，软件，可视化
版本	3.4.1
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	猿，aplot，dplyr，ggplot2(>= 3.0.0)， grid，magrittr、方法、purrr，rlang，ggfun(> = 0.0.6),yulab.utils，tidyr，tidytree(> = 0.3.9),treeio(>= 1.8.0)， utils，尺度
链接
建议	emojifont，ggimage，ggplotify，shadowtextgrDevices,knitr，prettydoc，rmarkdown统计数据,testthat，宠物猫，胶水
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/treedata-book/(书)http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 - 210 x.12628(纸)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues
全靠我	tanggle
进口我	cogeqc，enrichplot，ggmsa，ggtreeExtra，LinTInd，LymphoSeq，miaViz，microbiomeMarker，MicrobiotaProcess，orthogene，philr，singleCellTK，sitePath，systemPipeTools，treekoR
建议我	compcodeR，TreeAndLeaf，treeio，TreeSummarizedExperiment，universalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ggtree_3.4.1.tar.gz
Windows二进制	ggtree_3.4.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ggtree_3.4.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggtree
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggtree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggtree/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档