ggmsa

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggmsa

使用'ggplot2'绘制多序列对齐

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个多序列比对和相关数据的可视化探索工具。使用'ggplot2'支持DNA, RNA和蛋白质序列的MSA。多序列比对可以很容易地与其他'ggplot2'图相结合，如'ggtree'可视化的系统发育树、箱线图、基因组图等。更多功能:序列标志，序列束，RNA二级结构的可视化和检测序列重组。

作者:周朗[aut, cre]，于广创[aut, ths]、徐双斌[ctb]，黄慧娜[ctb]

维护人员:郎周

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“ggmsa”)

超文本标记语言	R脚本	ggmsa
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐，注释，MultipleSequenceAlignment，软件，可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	Biostrings，ggplot2，magrittr，tidyr， utils，统计，aplot，RColorBrewer，ggalt，ggforce，dplyr，R4RNAgrDevices,seqmagick，网格，方法，statebins，ggtree(> = 1.17.1)
链接
建议	ggtreeExtra，猿，cowplot，knitr，BiocStyle，rmarkdown，readxl，ggnewscale，kableExtra，gggenes，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1093/bib/bbac222(纸)https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ggmsa/issues
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包档案

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源包	ggmsa_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ggmsa_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ggmsa_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ggmsa_1.3.4.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggmsa
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggmsa
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggmsa/
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