鱼池

DOI:10.18129 / B9.bioc.fishpond

鱼塘:表达式数据的下游方法和工具

Bioconductor版本:发行版(3.15)

Fishpond包含了RNA-seq数据的差异转录本和基因表达分析的方法，使用推理复制的丰度量化的不确定性，如吉布斯抽样或自举抽样产生。该包还包含许多用于处理Salmon和alvin量化文件的实用程序。

作者:朱安琪[aut, ctb]，迈克尔·洛夫[aut, ctb]，阿维·斯里瓦斯塔瓦[aut, ctb]， Rob Patro [aut, ctb]，约瑟夫·易卜拉欣[aut, ctb]， Hirak Sarkar [ctb]， Euphy Wu [ctb]， Noor Pratap Singh [ctb]， Scott Van Buren [ctb]，何东泽[ctb]， Steve Lianoglou [ctb]， Wes Wilson [ctb]， Jeroen Gilis [ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("fishpond")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“鱼塘”)

超文本标记语言	R脚本	1.考虑推理不确定性的DE分析
超文本标记语言	R脚本	2.与Salmon和Swish的等位基因表达分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,BatchEffect,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,可视化
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	图形，统计，工具，方法，abind,gtools,qvalue,S4Vectors,IRanges,SummarizedExperiment,GenomicRanges,matrixStats,svMisc,Rcpp,矩阵,SingleCellExperiment,jsonlite
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,rmarkdown,巨噬细胞,tximeta,org.Hs.eg.db,samr,DESeq2,apeglm,tximportData,limma,ensembldb,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicFeatures,AnnotationDbi,pheatmap,Gviz,GenomeInfoDb,data.table
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/mikelove/fishpond
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我	tximeta,tximport
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	fishpond_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	fishpond_2.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	fishpond_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/鱼池
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/
包下载报告	下载数据