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fgsea
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DOI:10.18129 / B9.bioc.fgsea
快速基因集富集分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包实现了快速基因集富集分析的算法。使用快速算法可以进行更多的排列，并获得更细粒度的p值，这允许使用准确的标准方法进行多个假设修正。
作者:Gennady Korotkevich [aut]， Vladimir Sukhov [aut]， Nikolay Budin [ctb]， Alexey Sergushichev [aut, cre]
维护人员:Alexey Sergushichev
引文(从R内，输入引用(“fgsea”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“fgsea”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | geseca-tutorial |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用fgsea包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，软件 |
| 版本 | 1.24.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(6年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.3) |
| 进口 | Rcpp，data.table，BiocParallel统计数据,ggplot2(> = 2.2.0),cowplot、网格fastmatch，矩阵,跑龙套 |
| 链接 | Rcpp，黑洞 |
| 建议 | testthat，knitr，rmarkdown，reactome.db，AnnotationDbi平行,org.Mm.eg.db，limma，GEOquery，msigdbr，聚合 |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ctlab/fgsea/ |
| BugReports | https://github.com/ctlab/fgsea/issues |
| 全靠我 | gsean，metapone，PPInfer |
| 进口我 | ASpediaFI，ATACCoGAPS，BioNAR，CelliD，CEMiTool，clustifyr，cTRAP，剂量，EventPointer，fobitools，lipidr，mCSEA，multiGSEA，纳米管，omicsViewer，phantasus，钢琴，RegEnrich，signatureSearch，ViSEAGO |
| 建议我 | Cepo，解耦，gCrisprTools，mdp，pareg，π，麻雀，ttgsea |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | fgsea_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | fgsea_1.24.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | fgsea_1.24.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | fgsea_1.23.4.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fgsea |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
