fastreeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastreeR

VCF和Fasta文件的系统发育、距离和其他计算

Bioconductor版本:发行版(3.16)

计算距离，建立系统发育树或在VCF或FASTA文件的样本之间执行层次聚类。函数是用Java实现的，通过rJava调用。并行实现，直接操作VCF或FASTA文件快速执行。

作者:Anestis Gkanogiannis [aut, cre]

维护者:Anestis Gkanogiannis < Anestis at gkanogiannis.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("fastreeR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“fastreeR”)

超文本标记语言	R脚本	fastreeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，宏基因组，系统发生学，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2)
进口	猿，data.table，dynamicTreeCut、方法、R.utils，rJava统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocFileCache，BiocStyle、图形、knitr，memuse，rmarkdown，拼写，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	Java (> = 8)
增强了
URL	https://github.com/gkanogiannis/fastreeRhttps://github.com/gkanogiannis/BioInfoJava-Utils
BugReports	https://github.com/gkanogiannis/fastreeR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	fastreeR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	fastreeR_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	fastreeR_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	fastreeR_1.1.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastreeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fastreeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fastreeR/
包下载报告	下载数据