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ensemblVEP
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP
R集成变效应预测器接口
Bioconductor版本:发行版(3.15)
通过perl API查询集成变量效应预测器。
作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中，输入引用(“ensemblVEP”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" ensemble blvep ")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“ensemblVEP”)
| R脚本 | ensemblVEP | |
| R脚本 | PreV90EnsemblVEP | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.38.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | 方法,BiocGenerics，GenomicRanges，VariantAnnotation |
| 进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit |
| SystemRequirements | 必须安装ensemble VEP (API版本105)和Perl模块DBI和DBD::mysql。请参阅软件包README和ensemble安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | MMAPPR2，TVTB |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | ensemblVEP_1.38.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | ensemblVEP_1.38.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensemblVEP |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| bioc3.15的旧源包 | 源存档 |
