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diffHic
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DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic
Hi-C数据的微分分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
在Hi-C实验中检测不同生物条件下的不同相互作用。提供了用于读取对齐和数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR，支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。
作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon Smyth [aut]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内，输入引用(“diffHic”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“diffHic”)
| diffHic装饰图案 | ||
| diffHicUsersGuide.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐，聚类，报道，嗝，MultipleComparison，归一化，预处理，测序，软件 |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(8年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，GenomicRanges，InteractionSet，SummarizedExperiment |
| 进口 | Rsamtools，Rhtslib，Biostrings，BSgenome，rhdf5，刨边机，limma，csaw，locfit、方法、IRanges，S4Vectors，GenomeInfoDb，BiocGenerics， grDevices，图形，统计，utils，Rcpp，rtracklayer |
| 链接 | Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc，Rcpp |
| 建议 | BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，矩阵，testthat |
| SystemRequirements | c++ 11, GNU制作 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | diffHic_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffHic_1.30.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | diffHic_1.30.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | diffHic_1.30.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ diffic |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/diffHic/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
