GAPGOM
DOI:10.18129 / B9.bioc.GAPGOM

这是发展GAPGOM版本;稳定的发布版本,请参阅GAPGOM。

GAPGOM(小说预测基因注释和其他指标)

Bioconductor版本:发展(3.17)

收集的各种措施和工具lncRNA注释预测放入一个可再发行的R包。该包包含两个主要算法;lncRNA2GOA TopoICSim。lncRNA2GOA小说试图注释基因(在这种特定情况下lncRNAs)通过使用各种相关/几何评分方法表达数据相关。关联/得分后,结果注释和充实。TopoICSim是一个基于拓扑方法,比较基因相似性去DAG的基于拓扑信息内容(IC)之间的条款。

作者:Rezvan Ehsani (aut (cre),鬼马小精灵van Mourik (aut),芬恩Drabløs (aut)

维护人员:Rezvan Ehsani < rezvanehsani74 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“GAPGOM”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GAPGOM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews 去,GeneExpression,GenePrediction,软件
版本 1.15.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可
取决于 R (> = 4.0)
进口 统计,跑龙套、方法矩阵,fastmatch,plyr,dplyr,magrittr,data.table,igraph,图,RBGL,GO.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,GOSemSim,GEOquery,AnnotationDbi,Biobase,BiocFileCache,matrixStats
链接
建议 org.Dm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Sc.sgd.db,org.Dr.eg.db,org.Ce.eg.db,org.At.tair.db,org.EcK12.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Ag.eg.db,org.EcSakai.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Pt.eg.dborg.Pf.plasmo.db,org.Mmu.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Xl.eg.db,testthat,pryr,knitr,rmarkdown,prettydoc,ggplot2,kableExtra,profvis,reshape2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Berghopper/GAPGOM/
BugReports https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GAPGOM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GAPGOM/
包下载报告 下载数据

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