debrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.debrowser

互动的微分表达式的值分析浏览器

Bioconductor版本:版本(3.16)

生物信息学平台包含互动情节和表基因和地区差异表达研究。允许在交互式可视化表达数据更加深入和更快的方式。通过改变参数,用户可以很容易地发现不同部分的数据,就像从未做过。手动创建,这些情节需要时间。与DEBrowser用户可以准备阴谋而无需编写任何代码。微分表达式,现场主成分分析和聚类分析,结果显示在各种散射等情节,酒吧,盒子,马火山,情节和热图。

作者:高山Kucukural <高山。在umassmed.edu kucukural >,Onur Yukselen , Manuel Garber

维护人员:高山Kucukural <高山。在umassmed.edu kucukural >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“debrowser”)

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文档

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browseVignettes (“debrowser”)

HTML	R脚本	DEBrowser装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	闪亮的,jsonlite,shinyjs,shinydashboard,shinyBS,gplots,DT,ggplot2,RColorBrewer,注释,AnnotationDbi,DESeq2,剂量,igraphgrDevices图形,统计,跑龙套,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,stringi,reshape2,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,limma,刨边机,clusterProfiler、方法、股东价值分析,RCurl,enrichplot,colourpicker,情节,的热图,哈曼,pathview,apeglm,ashr
链接
建议	testthat,rmarkdown,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser
BugReports	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	debrowser_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	debrowser_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64)	debrowser_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ debrowser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
包下载报告	下载数据