dearseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dearseq

通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差分表达式分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

差异表达分析RNA-seq数据方差分量评分检验，通过精确权重计算数据异方差。执行基因和基因集分析，并可以处理重复或纵向数据。具体方法见:i) Agniel D & Hejblum BP(2017)纵向RNA-seq数据时间过程基因集分析的方差分量评分检验，生物统计学，18(4):589-604;和ii) Gauthier M, Agniel D, Thiébaut R & Hejblum BP (2020) dearseq:有效控制错误发现率的RNA-Seq差分分析的方差分量评分测试，NAR基因组学与生物信息学，2(4):lqaa093。

作者:Denis Agniel [aut]， Boris P. Hejblum [aut, cre]， Marine Gauthier [aut]， Mélanie Huchon [ctb]

维护者:Boris P. Hejblum < Boris。Hejblum在u-bordeaux.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dearseq”)

超文本标记语言	R脚本	dearseqUserguide
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，DNASeq，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，KEGG，RNASeq，回归，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，转录，转录组
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	CompQuadForm，dplyr，ggplot2，KernSmooth，magrittr，matrixStats、方法、拼接而成平行,pbapply，reshape2，rlang，scattermore统计数据,statmod，调查，宠物猫，viridisLite
链接
建议	Biobase，BiocManager，BiocSet，刨边机，DESeq2，GEOquery，GSA，knitr，limma，readxl，rmarkdown，S4Vectors，SummarizedExperiment，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/borishejblum/dearseq/issues
全靠我
进口我	benchdamic
建议我	GeoTcgaData, TcGSA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dearseq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	dearseq_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	dearseq_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	dearseq_1.9.4.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dearseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dearseq/
软件包下载报告	下载数据