cytomapper

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytomapper

R中高度复用成像数据的可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

高度复用成像以空间分辨率的方式获得所选蛋白质的单细胞表达。这些测量可以跨多个长度尺度进行可视化。首先，像素级强度代表了最高分辨率特征表达的空间分布。其次，在分割后，可以在分割后的细胞区域上可视化表达值或细胞级元数据(例如细胞类型信息)。该软件包包含多路复用读出的可视化功能和多路复用成像技术获得的细胞级信息。这个包的主要功能允许1。跨多个通道的像素级信息可视化，2。在分割掩码和3上显示单元格级信息(表达式和/或元数据)。单个单元格的门控和可视化。

作者:Nils Eling [aut, cre]，尼古拉斯·戴蒙德[au]，霍奇[ctb]

维护:Nils Eling < Nils。在dqbm.uzh.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cytomapper”)

超文本标记语言	R脚本	在映像的磁盘存储上
超文本标记语言	R脚本	在R
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，MultipleComparison，归一化，OneChannel，SingleCell，软件，TwoChannel
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0)，EBImage，SingleCellExperiment、方法
进口	SpatialExperiment，S4Vectors，BiocParallel，HDF5Array，DelayedArray，RColorBrewer，冬青跑龙套,SummarizedExperiment、工具、图形、光栅， grDevices, stats，ggplot2，ggbeeswarm，svgPanZoom，svglite，闪亮的，shinydashboard，matrixStats，rhdf5，nnls
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，cowplot，testthat，shinytest
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper/issues
全靠我	imcdatasets
进口我	imcRtools，simpleSeg
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cytomapper_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cytomapper_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cytomapper_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cytomapper_1.9.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytomapper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cytomapper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytomapper/
软件包下载报告	下载数据