cytoMEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytoMEM

标记富集建模(MEM)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

标记富集建模，自动生成和显示从单细胞数据中识别的细胞群的定量标签。MEM的输入是一个数据集，该数据集具有预先聚类或预先门化的总体，其中单元格在行中，特征在列中。标签传达了测量特征的列表和特征在每个种群中的相对富集水平。MEM可以应用于各种各样的数据类型，并可以比较MEM标签从流式细胞术，大规模细胞术，单细胞RNA-seq，和使用RMSD谱流式细胞术。

作者:Sierra Lima [aut]， Kirsten Diggins [au]，乔纳森爱尔兰语[aut, cre]

维护者:Jonathan Irish < Jonathan。爱尔兰在vanderbilt.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“cytoMEM”)

超文本标记语言	R脚本	Intro_to_Marker_Enrichment_Modeling_Analysis
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBiology,分类,聚类,DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,蛋白质组学,SingleCell,软件,SystemsBiology
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	gplots、工具、flowCore， grDevices, stats, utils，matrixStats、方法
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cytolab/cytoMEM
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cytoMEM_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	cytoMEM_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cytoMEM_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cytoMEM_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytoMEM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytoMEM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytoMEM/
包下载报告	下载数据